ผลการศึกษาดังกล่าว ได้เสนอต่อผู้บริหารและได้สานต่อโครงการอย่างต่อเนื่อง ในปีงบประมาณ ๒๕๕๑ สถาบันการแพทย์แผนไทยจึงได้มีแนวคิดการจัดตั้ง “สถาบันวิจัยการแพทย์แผนไทย เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเนื่องในโอกาสมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา ๘๐ พรรษา ปี ๒๕๕๐ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นศูนย์ต้นแบบในการวิจัยทางคลินิก (วิจัยในคน) ด้านการแพทย์แผนไทยแบบครบวงจร และได้รับการสนับสนุนทั้งนโยบายและงบประมาณผลักดันโครงการนี้จนสำเร็จ ในสมัยของรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงสาธารณสุข (นายวิชาญ มีนชัยนันท์) และรองปลัดกระทรวงสาธารณสุข (นายแพทย์จักรธรรม  ธรรมศักดิ์)  แต่ด้วยมีข้อจำกัดในด้านสถานที่ในการจัดตั้ง กระทรวงสาธารณสุขจึงได้เสนอให้โครงการดังกล่าวอยู่ภายใต้ความร่วมมือระหว่าง กรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือกกับสถาบันพระบรมราชชนก และให้ใช้อาคารหมายเลข ๓ ที่ตั้งกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์เดิม(ยศเส) แขวงคลองมหานาค เขตป้อมปราบศัตรูพ่าย  กรุงเทพมหานคร  เป็นที่ตั้งหน่วยงาน ปลัดกระทรวงสาธารณสุข (นายแพทย์ปราชญ์ บุณยวงศ์วิโรจน์) ได้อนุมัติงบประมาณจำนวน ๘๐,๐๐๐,๐๐๐ บาท (แปดสิบล้านบาทถ้วน)  เพื่อการออกแบบและปรับปรุงอาคาร

     ต่อมาในวันที่ ๙ กรกฎาคม ๒๕๕๑ นายแพทย์ลือชา  วนรัตน์  อธิบดีกรมพัฒนาการแพทย์แผนไทย และการแพทย์ทางเลือก ได้มีคำสั่งให้จัดตั้ง “สถาบันวิจัยการแพทย์แผนไทย เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเนื่องในโอกาสมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา ๘๐ พรรษา ปี ๒๕๕๐” และราชบัณฑิตยสถาน ได้ให้ความเห็นควรใช้ชื่อสถาบันว่า “สถาบันวิจัยการแพทย์แผนไทย” (Traditional Thai Medicine Research Institute) และเปิดดำเนินการตั้งแต่ วันที่ ๒๑ มิถุนายน ๒๕๕๓ เป็นต้นมา